Federalno ministarstvo pravde vrši upravne, stručne i druge poslove utvrđene zakonom koji se odnose na: ostvarivanje nadležnosti Federacije u oblastima, a naročito pravosudnih institucija i uprave; upravnog nadzora nad radom pravosudne uprave i federalnih tijela uprave; pružanje pomoći u edukaciji sudaca i tužitelja; udruživanje u političke organizacije i udruge građana; oblast uredskog poslovanja; upravni nadzor i izvršenje kaznenih sankcija. Federalno ministarstvo pravde vrši upravne poslove koji ne spadaju u djelokrug drugog organa uprave Federacije.
U sastavu Federalnog ministarstva pravde nalazi se Zavod za javnu upravu.
Zavod za javnu upravu vrši stručne i druge poslove iz nadležnosti Federacije koji se odnose na: utvrđivanje unutarnje organizacije federalnih ministarstava i drugih tijela federalne uprave sa ciljem da se unaprijedi njihov rad i organizacija i osigura efikasno rukovođenje; uvođenje suvremenih tehničkih metoda i sredstava rada u organe i tijela uprave (informatičko- dokumentacioni sustav); uređivanje načina ostvarivanja prava i dužnosti službenika i namještenika iz radnih odnosa, plaća i drugih naknada u općim aktima ministarstva i drugih tijela federalne uprave, te suradnja sa nadležnim sindikatom u odnosu na rješavanje tih pitanja; organiziranje stručnog obrazovanja i usavršavanja službenika; izgradnja sustava lokalne samouprave; izbornog sustava, političko teritorijalne organizacije Federacije i izrada odgovarajućih propisa u tim pitanjima; izdavanje publikacija iz oblasti prava; razvijanje suradnje sa odgovarajućim međunarodnim organizacijama u skladu sa Ustavom Bosne i Hercegovine, kao i lokalnim tijelima vlasti i njihovim asocijacijama u pitanjima iz svoje nadležnosti i druge poslove
vezane za oblast javne uprave.