U Sektoru izvršenja krivičnih sankcija obavljaju se poslovi koji se odnose na izradu prednacrta, nacrta zakona i drugih propisa, odluka, rješenja i drugih akata koji se odnose na izvršenje krivičnih sankcija, obavlja nadzor nad radom svih kazneno-popravnih zavoda, te izvršenje mjera sigurnosti, gospodarski rad kazneno-popravnih zavoda te poslovi u vezi uvjetnog otpusta i drugi poslovi na izvršenju krivičnih sankcija. Nadzor nad izvršenjem kazne zatvora obuhvata naročito: zakonito i pravilno postupanje s osuđenim osobama, nadzor nad organiziranjem i radom ustanova, način odgoja osuđenih osoba, stanje sigurnosti i samozaštite, funkcioniranje službe osiguranja, način provođenja zdravstveno-higijenskih mjera, ishranu i odijevanje osuđenih osoba, kao i uvjete služenja kazne. Obavlja kontrolu rada nad kazneno-popravnim zavodima u Zenici, Mostaru, Sarajevu, Bihaću i Tuzli, te odjeljenjima u Busovači, Orašju i Ustikolini.