Federalno ministarstvo pravde obavlja upravne, stručne i druge poslove vezane uz ostvarivanje mjerodavnosti Federacije Bosne i Hercegovine, a osobito njezinih pravosudnih institucija i uprave. U mjerodavnosti ministarstva je i upravni nadzor nad radom pravosudne uprave i federalnih tijela uprave, kao i pružanje pomoći pri školovanju sudaca i tužitelja, udruživanja u političke organizacije, udruge građana i osnivanje mikro-kreditnih fondacija, te nadzor nad izvršenjem kaznenih sankcija u Federaciji Bosne i Hercegovine. Federalno ministarstvo pravde izvršava i upravne poslove koji ne spadaju u djelokrug nekog drugog organa uprave.
U okviru mjerodavnosti Vlade, ministarstvo sudjeluje u pripremi prednacrta, nacrta i prijedloga propisa i drugih općih akata u Federaciji Bosne i Hercegovine. Za ostvarivanje mjerodavnosti ministarstva utvrđeni su sljedeći sektori i odjeli: kabinet ministra, sektor pravosuđa, sektor uprave, sektor za strateško planiranje, europske integracije i upravljanje ljudskim resursima, sektor izvršenja kaznenih sankcija, upravni inspektorat, odjeljenje za opće i zajedničke poslove i odjeljenje za financijske i računovodstvene poslove. U Federalnom ministarstvu pravde nalazi se i Zavod za javnu upravu, kao i Jedinica za implementaciju projekta Svjetske Banke za zemljišno knjižnu administraciju.